DNA oligos design · теперь на BioPharmTools

Дизайн и анализ олигонуклеотидов

Подбор праймеров и зондов, фолдинг РНК, расчёт свойств олигонуклеотидов и обработка LC-MS — все инструменты EasyProbe работают на платформе BioPharmTools. Тот же функционал, единый вход и личный кабинет.

Инструменты

Primer design

Дизайн праймеров

Автоматизированный подбор праймеров и зондов через Primer3 и Seqfold. Анализ температур плавления и специфичности. Анализ вторичной структуры зонда. Анализ мультиплексных взаимодействий.

ПЕРЕЙТИ →
RNA folding

Фолдинг РНК

Расчёт вторичной структуры ДНК и РНК: шпильки, петли и стебли, свободная энергия ΔG и температура плавления структуры. Наглядная схема свёрнутой молекулы.

ПЕРЕЙТИ →
Oligo props

Свойства олигонуклеотидов

Расширенный анализ свойств олигонуклеотидов: молекулярный вес, коэффициент экстинкции, температура плавления. Расчёт количества олигонуклеотида по его концентрации и объёму.

ПЕРЕЙТИ →
LC-MS analysis

LC-MS анализ

Анализ данных хромато-масс-спектрометрии. Обработка файлов в формате mzdata. Обработка данных в «+» и «−» режимах ионизации.

ПЕРЕЙТИ →

Как это выглядит

Дизайн праймеров: результаты подбора пар праймеров для GAPDH human
Дизайн праймеров. Мишень GAPDH из NCBI RefSeq: 10 пар праймеров с позициями, Tm, GC-составом, размером продукта и ΔG гомо- и гетеродимеров, схема расположения пары на мишени.
Фолдинг РНК: вторичная структура тРНК-Phe
Фолдинг РНК. Вторичная структура тРНК-Phe (ViennaRNA): ΔG при 37 °C, скобочная запись и схема свёрнутой молекулы с выгрузкой в PNG, SVG и Excel.
Свойства олигонуклеотидов: таблица с массой и количеством
Свойства олигонуклеотидов. Список олигонуклеотидов с модификациями (FAM, HEX, BHQ1, LNA): длина, масса, ОЕ и количество в нмоль по каждой строке и итог по набору.
LC-MS анализ: карта RT × масса и пики спектра
LC-MS анализ. Файл mzData: карта «время удерживания × масса» после деконволюции зарядов и таблица самых интенсивных пиков спектра.

Платформа BioPharmTools

EasyProbe — DNA Oligos Design

Один вход ко всем инструментам

  • Личный кабинет и история расчётов
  • Вход по e-mail или через Google
  • Новые сервисы платформы — без отдельной регистрации
  • Лабораторная система Weaver LIMS для синтеза олигонуклеотидов